标题PCR扩增仪的选择三

梯度PCR

对于一个PCR反应，虽然有各种各样的PCR引物设计软件或者经验公式计算最适的退火温度，可是由于模版中碱基的组合千变万化，对于特殊片断，经验公式得到的数据不一定能"P"出来结果，细微的变化对结果都可能产生决定性的影响，因而“摸条件”一度是让人很头疼的问题。梯度PCR的出现部分解决了一些问题——在反应过程中每个孔的温度控制条件可以在指定范围内按照梯度变化，根据结果，一步就可以摸索出最适合的反应条件。不单退火温度，连变性温度和延伸温度都可以优化——对于多种聚合酶混合酶扩增如Invitrogen、Clontech、Promega的多数高保真Taq酶来说这个非常重要，因为Taq和校正酶的最佳反应温度可能有显著差异，优化延伸温度就显得很重要。多次实验可在一台仪器上完成，既节省实验时间提高效率，又节省实验成本。

对于带梯度功能的PCR仪，需要考虑梯度模式下不同梯度管排间的温度均匀性和准确性，还必须考虑仪器在梯度模式和标准模式下是否具有同样的温度特性。这种差异可能导致在梯度模式下得出的最佳条件与标准模式下单独做的结果出现差异。SteadySlope技术是eppendorf拥有的梯度PCR技术专利，可以同样的温度变化速率到达所有设定的梯度温度，所以在梯度模式下具有恒定的温度性。这一技术保证了在梯度模式和普通模式之间可以进行可靠的信息传递，不会因为温度特性不同而导致产量和特异性的变化。MJ公司没有付专利费而选择在梯度模式下采用不同的降温速率，每个梯度温度之间的温度曲线不同，从梯度模式向普通模式进行转换的可能会出现问题。此外采用TCT（三组回路）技术的梯度PCR仪由于在梯度PCR模式下增加了一个加热和冷却的控制区域，保证了梯度温度控制的精确性并使不同梯度管排间的温度均匀性更好。

在PCR仪上增加原位PCR模块就可以在玻片上进行原位PCR扩增，MJ和eppendorf的PCR仪都有提供原位适配器以满足不同需要。购买配有支持原位PCR模块的PCR仪对从事医学研究的工作者是很值得的，一机两用。

此外，随着基因组高通量研究的需求的提高，各品牌都推出了多槽式高通量PCR仪，各有特长：MJ有一种一拖四，就是1个主机带4个扩增槽，每个槽可以独立控温，一次可以作96x4个样品的PCR，不过一旦出现问题4个都不能用了。ABI则在原来的9700的基础上推出了双384孔的基座，一次完成384x2个样品，使得9700的功能又扩展到高通量领域而无需购买新的机器，可惜两个384槽不能独立控温。eppendorf则有一个控制面板，可以控制5个独立的PCR仪，每台机器可以联合，而且互不影响，但是比较浪费空间。

二、仪器的功能性和人性化设计

当然是越简单方便的设计最符合用户的要求。

热盖——现在的PCR仪一般均配备热盖，热盖温度设为105℃，使样品管顶部的温度达到105℃左右，蒸发的反应液就不会产生凝集在管盖上而改变反应体积，这样用户就无需再向反应管内加石蜡油，直接减少后继反应的麻烦。如果是旋转加压的热盖就要特别小心，因为压力到达时没有明显的提示，用户需要根据经验将热盖旋到合适位置，不太容易掌握。如果过松，热盖没有充分接触反应管而影响结果；如果过紧，则会导致反应管变形，甚至可能造成热盖的机械故障。最新的ESP技术是指热盖加热时不接触样品管，避免加热样品管导致非特异产物，等加热到设定温度后热盖下降，将样品管压入加热模块，下降时间和压力都由电子控制。

样品基座——PCR反应多在0.2或者0.5的管子中进行，多数PCR仪也配备了不同的可更换样品槽适配不同的样品管。eppendorf有一个有趣的设计，一个槽内带有0.2和0.5两种不同样品孔，不需更换基座就可以分别使用两种不同的反应管，或者96孔板，加原位适配器就可以变成原位PCR了。避免了换基座的麻烦。当然不同的反应管不可以同时使用的，因为高度不同，热盖不能作用。ABI的9700就可以更换不同的样品槽，样品槽系列扩增到从0.5到标准96孔，到双384孔板，分别适合不同的需要，相当灵活。

软件——新的PCR仪都比较注重程序编写的简易性。大屏幕，显示实时信息，倒计时，记忆存储多个程序、自动断电保护等都有助于实验室中的复杂环境使用。程序储存方面，有人觉得储存程序的多少似乎意义不太大，但是对于实验人员多、PCR仪每天运作频繁的实验室来说，每个使用者独立储存自定义的PCR程序，确实能方便下一次的调用，会节约一些时间。

综合考虑，一台PCR仪选购的关键还是在于用户自己的要求，有些功能可能都用不上或很少用，用户需要仔细斟酌，毕竟是一分钱一分货。